Tinha alguns AVI e WMV que não reproduziam som a não ser no VLC. Apesar do problema já ser antigo só agora me propus a resolve-lo. Quanto aos avi, o problema foi de resolução simples: uma instalação do Perian, uma aplicação que inclui codecs AC3, mesmo o que faltava. Já agora, quer no VLC, quer no QuickTime, com a combinação command + I abre uma janela com informações sobre o filme que estamos a ver, pode dar pistas para a resolução do problema.
Quanto aos WMV, ainda não resolvi o problema mas lá chegarei.